Hoewel afkomstig uit een vrijzinnig milieu, krijgt Breukelman steeds meer moeite met de wijze waarop daar de nadruk lag op de rol van de mens. Al in het begin van zijn studietijd raakt hij onder de indruk van de Kirchliche Dogmatik van Karel Barth. Wat hem hierin vooral treft, is Barths zogenoemde 'Anliegen zum schriftgemäßem Denken'. In 1957 zal Breukelman in Dogmatik als Hermeneutik (postuum en in het Nederlands vertaald gepubliceerd in de bundel Theologische Opstellen) de Kirchliche Dogmatik van Barth plaatsen tegenover de Summa theologiae van Thomas van Aquino en de Institutie van Calvijn. Barth heeft zijns inziens teruggegrepen naar de structuur van het bijbels spreken en daarmee een 'ingrijpende correctie' op de traditionele doctrine aangebracht. Behalve het werk van Barth is ook dat van Kornelis Heiko Miskotte een blijvende bron van inspiratie, evenals Die Schrift und ihre Verdeutschung (1936) door Martin Buber en Franz Rosenzweig.

Op uitnodiging van Miskotte neemt Breukelman in 1953 zitting in de commissie ter beoordeling van de Nieuwe Vertaling van het Nederlands Bijbelgenootschap uit 1951. Omdat Breukelman in een eerder stadium scherpe kritiek heeft geuit op deze vertaling, daagt Miskotte hem uit om zijn bezwaren te verwoorden in het tijdschrift In de Waagschaal. Het resultaat is een twintigtal artikelen onder de titel 'Een beoordeling van de NBG-vertaling'. Breukelmans belangrijkste kritiek betreft de onhoorbaarheid van de klank van de bijbelse grondwoorden, die de dragers zijn van de verkondiging. Hij pleit daarom voor een Bijbelvertaling waarin de Hebreeuwse grondwoorden herkenbaar zijn. Breukelman wekte met zijn kritische artikelen de nieuwsgierigheid van veel theologen en theologiestudenten.

Vanaf de jaren vijftig wordt zijn pastorie in Simonshaven het verzamelpunt van theologen en theologiestudenten waar de Bijbel in zijn letterlijkheid en eigenheid wordt bestudeerd, uitgaande van de daarin aanwezige twee-eenheid van vorm en inhoud. Ook de katholieke priesters Ben Hemelsoet en Tom Naastepad vinden de weg naar de pastorie. Deze manier van bijbellezen zal Breukelman in 1992 demonstreren in zijn studie naar de theologie van het boek Genesis: Het eerstelingschap van Israël temidden van de volkeren op de aarde als thema van 'het Boek van de Verwekkingen van Adam, de mens'. Dit werk wordt wel beschouwd als één van zijn meest fundamentele, bijbels-theologische studies. Breukelman laat hierin zien dat Genesis dient te worden gelezen als een compositorische eenheid en dat bij die benadering de structuur van het boek beter aan het licht komt. Breukelman wenst namelijk uit te gaan van de tekst in de eindvorm waarin deze is overgeleverd als eenheid en compositie. Bovendien moeten wij, mensen, naar de tekst toe en Gods Woorden in al Zijn vreemdheid op ons laten inwerken in plaats van de tekst naar ons toehalen, ter bevestiging van ons eigen gelijk.

Op verzoek van G.C. van Niftrik, de predikant met wie Breukelman in Rijnsburg samenwerkte, wordt hij in 1968 aangesteld als wetenschappelijk hoofdmedewerker voor hermeneutiek aan de theologische faculteit in Amsterdam. Na het overlijden van Van Niftrik zet Breukelman zijn werkzaamheden voort bij E.J. Beker.

Na zijn pensioen in 1980 begint Breukelman met de uitgave van zijn bijbels-theologische studies in boekvorm, door hem aangeduid als 'cahiers' waarvan er tijdens zijn leven drie verschijnen. Deel 1 is getiteld Schrift-lezing (1980). Dit is een verhandeling over de kolometrische weergave van Bijbelteksten als hulp bij het lezen en als grondslag voor de exegese. Deel 2, De ouverture van het evangelie naar Mattheüs, verschijnt in 1984 en deel 3, Het eerstelingschap van Isräel, volgt in 1992. Na het overlijden van Breukelman wordt de reeks door de stichting Breukelman gecomplementeerd met zeven banden, waarin eerdere publicaties en ongepubliceerd materiaal uit het persoonlijk archief van Breukelman zijn opgenomen.